① 基因序列搜索与比对分析——实验题目:
实验一:搜索NCBI数据库,获取目标序列
实验二:目标序列的开放阅读框(ORF)鉴定,蛋白序列翻译
实验三:序列的多重比和BLAST分析
相关软件:
实验一和实验二使用NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov) 进行分析
实验三参考结果使用BLAST+软件
相关资源:
BLAST Command Line Applications User Manual https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
Stover, N. A., Cavalcanti, A. R. Using NCBI BLAST. Current Protocols Essential Laboratory Techniques, 2009, 11-1.
相关博文:
博文:NCBI的数据库介绍
https://www.plob.org/article/3698.html
博文:NCBI数据库集
http://www.lifeomics.com/?p=20049
博文:一步一步教你使用NCBI数据库资源
http://www.360doc.com/content/14/0428/22/1593776_373041992.shtml
② 系统发育树构建与分子进化计算——实验题目:
实验一:基于邻接法(NJ)的系统发育树构建
实验二:最大似然法和贝叶斯树构建的模型选择
实验三:最大似然法和贝叶斯树构建的系统发育树构建
实验四:进化过程中的基因选择压力分析
相关软件:
实验一参考结果使用MEGA软件
实验二参考结果使用jModelTest软件
实验三参考结果使用phyML和MrBayes软件
实验四参考结果使用EasyCodeML软件
相关文献:
Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme. The Phylogenetic Handbook:
A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Cambridge University Press; 3, 2009. ISBN: 9780521730716
Barry G.Hall (编写), 陈士超, 吴晓运 (译). 轻松构建系统发育树:实用操作方法和理论.
北京: 高等教育出版社. (第1版). 2016年2月. ISBN: 9787040439489
相关博文:
博文:MEGA 规范建树操作手册
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-787184.html
博文:图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-791370.html
博文:正选择分析之 Branch site model 篇:
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-922784.html
③ 转录组分析——实验题目:
实验一:高通量测序数据的质量控制
实验二:转录组的从头组装
实验三:高通量测序数据的比对
实验四:差异表达基因的鉴定
相关软件:
实验一参考结果使用FASTQC软件
实验二参考结果使用Trinity软件
实验三参考结果使用Tophat软件
实验四参考结果使用Cufflinks和DESeq2软件
相关资源:
Trinity软件及使用手册网址: https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
TopHat软件及使用手册网址: https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml
Cufflinks软件及使用手册网址: http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/
相关文献:
Trapnell Cole等. Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks,
Nature Protocols, 2012, 7, 562–578
相关博文:
博文:用FastQC检查二代测序原始数据的质量
https://www.plob.org/article/5987.html
博文:Tophat+cufflinks 学习笔记
https://www.plob.org/article/8822.html
博文:RNA-seq差异表达分析工作流程
http://blog.qiubio.com:8080/archives/3007/comment-page-2