实验资源


发布时间:2017-03-25 来源:本站原创 作者:本站编辑   浏览次数:


① 基因序列搜索与比对分析——实验题目:

Ÿ   实验一:搜索NCBI数据库,获取目标序列

Ÿ   实验二:目标序列的开放阅读框(ORF)鉴定,蛋白序列翻译

Ÿ   实验三:序列的多重比和BLAST分析

 

相关软件:

Ÿ   实验一和实验二使用NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov) 进行分析

Ÿ   实验三参考结果使用BLAST+软件

 

相关资源:

Ÿ   BLAST Command Line Applications User Manual https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/

Ÿ   Stover, N. A., Cavalcanti, A. R. Using NCBI BLAST. Current Protocols Essential Laboratory Techniques, 2009, 11-1.

 

相关博文:

Ÿ   博文:NCBI的数据库介绍

https://www.plob.org/article/3698.html

Ÿ   博文:NCBI数据库集

http://www.lifeomics.com/?p=20049

Ÿ   博文:一步一步教你使用NCBI数据库资源

http://www.360doc.com/content/14/0428/22/1593776_373041992.shtml

 

② 系统发育树构建与分子进化计算——实验题目:

Ÿ   实验一:基于邻接法(NJ)的系统发育树构建

Ÿ   实验二:最大似然法和贝叶斯树构建的模型选择

Ÿ   实验三:最大似然法和贝叶斯树构建的系统发育树构建

Ÿ   实验四:进化过程中的基因选择压力分析

 

相关软件:

Ÿ   实验一参考结果使用MEGA软件

Ÿ   实验二参考结果使用jModelTest软件

Ÿ   实验三参考结果使用phyML和MrBayes软件

Ÿ   实验四参考结果使用EasyCodeML软件

 

相关文献:

Ÿ   Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme. The Phylogenetic Handbook: 

    A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Cambridge University Press; 3, 2009. ISBN: 9780521730716

Ÿ   Barry G.Hall (编写), 陈士超, 吴晓运 (译). 轻松构建系统发育树:实用操作方法和理论. 

    北京: 高等教育出版社. (第1版). 2016年2月. ISBN: 9787040439489

 

相关博文:

Ÿ   博文:MEGA 规范建树操作手册

http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-787184.html

Ÿ   博文:图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest

http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-791370.html

Ÿ   博文:正选择分析之 Branch site model 篇:

http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-922784.html

 

③ 转录组分析——实验题目:

Ÿ   实验一:高通量测序数据的质量控制

Ÿ   实验二:转录组的从头组装

Ÿ   实验三:高通量测序数据的比对

Ÿ   实验四:差异表达基因的鉴定

 

相关软件:

Ÿ   实验一参考结果使用FASTQC软件

Ÿ   实验二参考结果使用Trinity软件

Ÿ   实验三参考结果使用Tophat软件

Ÿ   实验四参考结果使用Cufflinks和DESeq2软件

 

相关资源:

Ÿ   Trinity软件及使用手册网址: https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

Ÿ   TopHat软件及使用手册网址: https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml

Ÿ   Cufflinks软件及使用手册网址: http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/

 

相关文献:

Ÿ   Trapnell Cole等. Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks,

     Nature Protocols, 2012, 7, 562–578

 

相关博文:

Ÿ   博文:用FastQC检查二代测序原始数据的质量

    https://www.plob.org/article/5987.html

Ÿ   博文:Tophat+cufflinks 学习笔记

    https://www.plob.org/article/8822.html

Ÿ   博文:RNA-seq差异表达分析工作流程

   http://blog.qiubio.com:8080/archives/3007/comment-page-2



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